Online Lectures on Bioinformatics
Pairwise sequence comparison
Dot plots
Dot plot jest prawdopodobnie najstarszą techniką służącą do porównywania łańcuchów (Maizel i Lenk). Dot plot przedstawia wizualnie podobieństwo miedzy dwoma sekwencjami. Każda oś wykresu opisuje jedną z dwóch porównywanych sekwencji. Jako wynik otrzymujemy wykres na którym widoczne są kropki i ukośne kreski. Kropki wskazują miejsca w których porównywane sekwencje są identyczne. Gdy kilka identycznych pozycji jest homologicznych wtedy powstają linie proste (jako zbiór kropek).Rysunek:jest to przykładowy wynik analizy porównawczej dwóch sekwencji: ludzkiej hemoglobiny alfa i beta. Zbiór szarych punktów wskazuje miejsca podobne. Można wyróżnić jeden najwyraźniejszy ślad w całej długości obu sekwencji.
Dot plot jest bardzo dobrą metodą do analizy porównawczej sekwencji dwóch pasm. Analiza ta jest o tyle wygodna, że sam użytkownik wybiera czy ma to być analiza globalna czy lokalna. Podobieństwo lokalne wskazuje na występowanie podobnych regionów miedzy dwoma pasmami, które występują wewnątrz innych pasm, które nie wykazują podobieństwa. Pasma mogą zawierać regiony samopodobieństwa tzw. wewnętrzne powtórzenia. Są one widoczne jako kilka paralentnych linii na wykresie.
exercise 1
Obecnie bardzo dużym powodzeniem cieszy się program dotter (można go pobrać ze strony EBI), który umożliwia analizę dot plot dla DNA, białek oraz porównywanie DNA z białkami.
Comments are very welcome.
luz@molgen.mpg.de